Noch zu Anfang des Jahres 2005 hieß es in Zwettl allgemein, die Gemeinde werde - entgegen den im Land vorherrschenden Trend - ihr gut geführtes Krankenhaus nicht an das Bundesland Niederösterreich verkaufen. Doch diese Haltung änderte sich innerhalb weniger Wochen nach intensiven Gesprächen und reiflicher Überlegung durch die verantwortlichen örtlichen Mandatare. Am 19. Mai 2005 beschloss der Gemeinderat der Stadtgemeinde Zwettl-NÖ einstimmig, mit dem Land Niederösterreich Verhandlungen wegen der Übernahme der Rechtsträgerschaft am örtlichen Krankenhaus aufzunehmen. Am 12. Dezember 2005 genehmigte der Gemeinderat den mittlerweile ausgehandelten Übergabevertrag, den Landeshauptmann Dr. Erwin Pröll und Bürgermeister Herbert Prinz am 15. Dezember in St. Pölten unterzeichneten. Mit 1. Jänner 2006 ging das Allgemeine öffentliche Krankenhaus Zwettl als Landesklinikum in das Eigentum der NÖ Landeskliniken-Holding über.
Diese Holding organisierte das Spitalswesen in Niederösterreich völlig neu. Die Krankenhäuser wurden in Regionen zusammengeschlossen (Waldviertel, Weinviertel, Thermenregion, Mostviertel und NÖ-Mitte), die von eigenen Regionalmanagern geführt werden. Das Krankenhaus in Zwettl trägt nun die offizielle Bezeichnung „Landesklinikum Waldviertel - Zwettl“. Durch diese Neuorganisation wurde es möglich, unnötige Mehrgeleisigkeiten und Überschneidungen in der Versorgung abzubauen, Schwerpunkte zu setzen, Synergien zu nutzen, Organisation und Verwaltung zu straffen und möglichst effizient zu gestalten.
Innerhalb kurzer Zeit zeigte sich, dass der Entschluss der Zwettler Stadtväter, das örtliche Krankenhaus in die Obhut des Landes zu übergeben, sehr richtig war. Die Holding investiert nämlich in den Standort Zwettl gewaltige Beträge. Das Krankenhaus wird in einem Ausmaß modernisiert und ausgebaut, wie es sich die Gemeinde als Rechtsträger nie hätte leisten können. Von den oftmals befürchteten Reduktionen und Verschlechterungen im medizinischen Angebot kann keine Rede sein, ganz im Gegenteil. Allein 2008 sollen 84,2 Millionen Euro in den Zu- und Umbau des Landesklinikums Zwettl fließen.
